Tuy nhiên, do quá yêu mến “cái tôi”, một số học sinh đặt vị trí, vai trò của mình quá cao trong tập thể; khó chấp nhận ý kiến của người khác và chính tư duy này đã cản trở những nỗ lực nhằm phát huy hết các tiềm năng của các học sinh, khiến kỹ năng hợp tác và làm việc theo nhóm cũng như giải quyết vấn đề của học sinh trường chuyên không được phát triển đúng mức.
Kiến thức quá nặng cũng làm cho cuộc sống của học sinh trường chuyên thiếu cân bằng. Một vấn đề khác cũng rất đáng quan tâm là kỹ năng xã hội của học sinh các trường chuyên chiếm vị trí rất thấp trong 13 tiêu chí đánh giá EQ. Theo nhóm nghiên cứu, kỹ năng xã hội sẽ giúp học sinh biết chấp nhận xã hội và được xã hội chấp nhận.