Nội dung tập cuối : (Tập 61)
Tiến sĩ Agasa là trùm mafia và Conan đã đoán được sự thật đau lòng này,
anh chàng lặng lẽ tìm câu trả lời "Vì sao tiền sĩ Agasa lại có thể là ông trùm đứng phía sau mọi truyện, và sai bảo bọn áo đen Whisky và Vodska được ?".
Cậu ta đã âm thầm theo những dấu vết mà tiến sĩ Agasa để lại (Trong tập này, tiến sĩ Agasa đã đột ngột qua đời vì bị bọn áo đen bắn chết, nhưng người chết là Asatachi, người con trai độc nhất của Agasa.
Vì Agasa là người rất thân mật với bọn trẻ nên khi ông chết đi thì không ai trong bọn chúng nghi ngờ cả, ngay cả Conan và thám tử Mori.
Ông tiến sĩ Agasa đã trở về căn cứ của mình ở NewYork - Mỹ để đích thân ra tay chiến dịch cuối cùng của mình là thôn tính cả Nhật Bản và NewYork.
Sau khi gắng ghép những dấu vết của ông trùm tiến sĩ để lại, Shinichi đã biết được nguồn gốc những Email mà bọn áo đen đã gửi cho ông,
Shinichi đã cùng với cảnh sát và FBI Nhật Bản + NewYork tìm ra nơi bọn áo đen đang ẩn náu, và nhanh tay tiêu diệt hết bọn chúng.
Nhưng cảnh sát và FBI không nhanh chân bằng Whisky, Vodska, "quả táo chín" và một số tay chân thân cận khác của ông trùm tiến sĩ.
Bọn chúng đã nhanh chân đến NewYork, báo cho ông trùm biết. Lúc này ông trùm tiến sĩ biết rằng âm mưu đã bại lộ, ông ta và bọn áo đen còn lại nhanh chân thi hành nhiệm vụ nhưng không thành.
Chắc các bạn còn nhớ cha của Shinichi là một nhà văn, và mẹ của Shinichi là một diễn viên chuyên nghiệp.
Hai vợ chồng đã giết được hai trong số những tay sai thân cận của tiến sĩ và đã giả mạo để trà trộn vào bọn chúng.
Ông nhà văn - cha của Shinichi đã báo tin cho Shinichi. Nhưng ông đã lãnh hậu quả khủng khiếp, bị bọn áo đen bắt gặp và giết chết.
Thế còn mẹ của Shinichi ? Sau khi bọn áo đen giết bố của Shinichi, bọn chúng nghi ngờ có người cải trang đang trà trộn vào.
Thế là một ngày nọ, ông trùm tiến sĩ đích thân đi xem từng người một, nhưng chỉ mới nghe lệnh triệu tập của ông trùm tiến sĩ là bà vợ - mẹ của Shinichi đã biết là có chuyện không lành rồi, dân đóng phim chuyên nghiệp mà.
Bà đã nhanh chân trốn thoát, nhưng bọn áo đen biết là bà đã bỏ trốn, liền cho người đuổi theo, vừa chạy vừa bắn (căn cứ ở đồng quê hoan vu nên không ai nghe được tiếng súng).
May cho bà, bà cầm cự đến ngay trụ sở cảnh sát ở đầu con lộ. Vì thành viên không còn nhiều nên bọn áo đen đã không thể san bằng đồn cảnh sát được.
Và bà đã báo cho cảnh sát, nhưng cảnh sát không nghe, nói rằng bà đang hốt hoảng, cho bà vô bệnh xá, canh chừng 24/24.
Ngay lúc bà vô bệnh xá, thì bọn Shinichi, Haibara, Ran Mori, ông Mori (Đã được chính phủ cấp giấy phép sử dụng súng), ông cảnh sát trưởng Gune, Takashi và cảnh sát của NewYork đã đổ ập vào căn cứ của ông trùm tiến sĩ.
Kết quả là bắn chết tất cả bọn áo đen nhưng lại để ông Agasa bỏ trốn được, nhưng không may Ran Mori và ông Mori đã bị Whisky và "quả táo chín" bắn trúng vào tim.
Cảnh sát NewYork đã lùng sục khắp nơi, sau 1 năm rưỡi thì cũng bắt được ông tiến sĩ Agasa cùng với thuốc giải cho Conan và Haibara trong vali của lão.
Sau khi uống thuốc, Shinichi và Haibara đã không thể tiếp nhận ngay thân thể to lớn lúc bấy giờ.
Cơ thể của Haibara và Shinichi nóng như lửa đốt, vì quá nóng nên họ đã ngất đi và tỉnh giấc sau 3 tháng trời.
Kết thúc câu chuyện chỉ còn Shinichi, Haibara, mẹ của Shinichi, ông cảnh sát trưởng, Takashi còn sống
Cuối truyện là đám cưới của Shinichi và Haibara ....
)
